Accanto alle grandi aree di culto (temenos sul Piano di Imera, santuario del Tempio della Vittoria) sono stati individuati due piccoli santuari dislocati rispettivamente nell'Isolato II sul Piano di Imera e nel Quartiere Est, sulle pendici nord-orientali della città alta. Essi erano destinati a pratiche di culto connesse, probabilmente, con la vita dei singoli quartieri. L'uno e l'altro hanno rivelato una continuità di frequentazione dall'età arcaica alla fine del V secolo a.C., ed è per questo che le aree sono state rispettate ed inserite nel tessuto urbano del secondo piano regolatore della città.
Non conosciamo le divinità alle quali erano dedicati, ma dall'esame degli oggetti votivi si possono ipotizzare culti di divinità femminili: Demetra e Kore e per il santuario del Quartiere Est, anche Athena Ergane.
Il santuario dell'Isolato II si configura, nel V sec. a.C., come un recinto all'aperto che occupa l'arca di una casa del secondo piano regolatore (m 16 di lato). Addossata al lato meridionale di questo recinto si trova una eschara, che è l'unico elemento della fase arcaica rimasto in uso nel V sec. a.C.; sempre alla fase arcaica va assegnato un oikos rettangolare di m 13,20 x 4,40, che ricade nella parte centrale del recinto. Il materiale votivo era concentrato soprattutto presso l'angolo SE dell'area ed era costituito prevalentemente da maschere e busti femminili di terracotta, frequenti nei santuari di Demetra e Kore.
Anche per il santuario del Quartiere Est è documentata una fase del VI sec. a.C. (basi di calcare per un portico ligneo, scarico di materiale votivo), che nel corso del V sec. a.C. viene obliterata da un complesso di ambienti gravitanti attorno ad un cortile rettangolare, probabilmente destinato, come l'area aperta del santuario dell'Isolato II, alle pratiche di culto. Nella seconda metà del V sec. a.C. il santuario viene ristrutturato con la costruzione, sul lato sud, di due sacelli affiancati, ai quali si accedeva attraverso un grande ambiente rettangolare, che ne copriva l'intera larghezza della fronte; qui fu trovato il deposito votivo costituito da vasi, pesi da telaio e oscilla e, soprattutto, da maschere e statuette di terracotta rappresentanti Demetra o Kore ma anche Athena, quest'ultima, in un caso, con gli attributi di Ergane.