L'identificazione del sito di Himera si deve a Claudio Mario Arezzo (1537) e a Tommaso Fazello (1558), i quali per primi segnalarono le rovine della città sulla collina alla sinistra del Fiume Grande, oggi nota come Piano di Himera. Tale proposta di identificazione non fu accolta dal Cluverio (1619) il quale, ritenendo che l'antico fiume Himera fosse da riconoscere nell'attuale  San Leonardo, ubicò erroneamente la colonia greca nei pressi di Termini Imerese. L'ipotesi del Cluverio fu accettata dal Kiepert (1851 e 1859), nonostante che già l'Houel (1782) avesse visitato i luoghi e segnalato che la torre di Buonfornello, ai piedi della collina, era stata costruita sui resti di un edificio antico, che alcuni decenni dopo N. Palmeri (1823) riconobbe come un tempio greco. Si deve ai corrispondenti termitani della Regia Commissione  alle  Antichità  e Belle Arti della Sicilia, I. De Michele e E. Iannelli, la prima iniziativa di ricerca a Buonfornello (1861), dove vennero rilevate le rovine del tempio dorico. L'anno  dopo G. Meli eseguì alcuni saggi di scavo, grazie ai quali furono recuperati tre elementi della grondaia a maschere leonine del tempio.

Nel 1877 Luigi Mauceri visitò il sito, identificò le necropoli, delimitò l'estensione della città e studiò il tempio, rilevando i dati utili per la ricostruzione della pianta e dell'elevato. Lo studioso fu il primo a rendersi conto che il santuario era inserito in un'area urbana, la città bassa, che si estendeva nella piana di Buonfornello, sulla sinistra della foce del fiume, di cui individuò i limiti. Solo nel 1926-27, dopo un lungo periodo di interruzione, furono riprese le ricerche sul terreno, ad opera di E. Gabrici, che esplorò parte della necropoli orientale in località Pistavecchia. Due anni dopo (1929-30), Pirro Marconi, demolito il casale e la torre di Buonfornello, portò completamente alla luce il Tempio della Vittoria.
Altro lungo periodo di silenzio succedette alle campagne dei Marconi fino al 1963, anno in cui l'Istituto di Archeologia dell'Università di Palermo, in collaborazione con la Soprintendenza Archeologica, iniziò le ricerche sul Piano di Himera. L'indagine, dopo un primo periodo dedicato allo scavo dell'Area Sacra, ha privilegiato lo studio dell'abitato, per acquisire dati sull'urbanistica della città e sulla tipologia abitativa, che apparivano di particolare interesse in un sito distrutto alla fine V sec. a.C. e in seguito non più abitato. Negli anni più recenti si è rivolta di nuovo l'attenzione alla città bassa, effettuando saggi di scavo nell'area del Tempio della Vittoria; mentre ai piedi della collina imerese è stato messo in luce un lembo dell'abitato in pianura.