Con il nuovo piano regolatore della città, attuato a partire dagli inizi del V sec. a.C., il Piano di Imera fu suddiviso in sedici isolati, larghi m 32 (100 piedi dorici), orientati E-O e delimitati da strade parallele, larghe in media m 5,60-5,80, che si attestavano ai due lati di un ipotetico asse viario, che attraversava in senso N-S l'intero pianoro. Tale asse terminava a Nord in una vasta area libera, compresa tra il lato occidentale del santuario e l'abitato, la cui funzione non è da escludere fosse quella di agorà cittadina.
Gli scavi hanno messo in luce tre vasti settori della città alta. Il primo nella zona settentrionale del pianoro comprende tre isolati (Isolati I-III) e due strade (Strade 1-2); il secondo si trova nella zona centro-meridionale (Isolato XII); il terzo è alla periferia sud della città (Isolati XV-XVI e Strada 15). Una quarta area di scavo si trova sulle pendici orientali della collina (Quartiere Est).
L'indagine archeologica ha dimostrato che l'impianto urbanistico fu realizzato sulla base di un progetto unitario, che non si limitava a prevedere per gli isolati le aree da occupare, ma imponeva anche uno schema-tipo di ripartizione interna, mediante un reticolato di ambitus (stretti passaggi di m 0,80, la cui principale funzione era lo smaltimento delle acque piovane). L'ambitus mediano divideva l'isolato in due fasce nel senso della lunghezza (E-O), una serie di ambitus ortogonali lo ripartivano in aree quadrate di m 16 di lato (= 50 piedi), ognuna delle quali destinata a un lotto edificabile.
In tutti gli isolati i vani erano coperti dal crollo dei tegoli del tetto, che hanno sigillato al di sotto di essi uno strato di distruzione spesso dai cm 30 ai cm 50, in cui le consistenti tracce di bruciato sono prova della fine violenta della città. Tale strato ha restituito una massa ingente di suppellettili ceramiche e, sia pure in minore quantità, oggetti di metallo, per lo più di bronzo, che hanno permesso di studiare a fondo la fisionomia di una città greca del V sec. a.C. AI di sotto dei livelli pavimentali è stato individuato lo strato archeologico relativo alla fase arcaica della città (VII-VI sec. a.C.), le cui strutture si distinguono per orientamento (NE-SO e NO-SE) e tecnica costruttiva da quelle di V secolo.