Himera sorge al centro di un ampio arco di costa compreso tra i promontori di Termini a Ovest e di Cefalù ad Est, alle cui spalle si estende un vasto retroterra, attraversato dai fiumi S. Leonardo, Torto e Imera settentrionale, che costituiscono importanti vie di comunicazione con l'interno. La città fu fondata alla sinistra della foce del fiume Imera in una posizione che permetteva il completo controllo della pianura di Buonfornello, delle basse colline che contornano la piana e del paese retrostante in profondità. La zona scelta è molto favorevole all'installazione di una colonia di popolamento, la piana costiera di natura alluvionale si presta alla coltivazione dei cereali; le colline, alte dai 50 ai 100 metri, sono adatte all'impianto di colture arboree (olivo, vite, alberi da frutto); le ampie vallate dei fiumi costituivano facili vie di penetrazione e di collegamento con le colonie greche (Agrigento e Selinunte), che sorgevano sulla costa meridionale dell'isola. Alcune fattorie sono state individuate sia nella pianura di Buonfornello, sia nell'entroterra a Sud della città.
La città occupò sia una vasta area nella pianura di Buonfornello, nei pressi della foce del fiume (città bassa), sia la collina prospiciente, il Piano di Imera e le sue pendici (città alta). Le ricerche archeologiche sono state condotte principalmente sul Piano di Imera e sulle pendici orientali; mentre, a parte il Tempio della Vittoria, solo un piccolo lembo della città bassa è stato recentemente messo in luce ai piedi della collina.
All'arrivo dei coloni greci, il sito non era abitato da popolazioni indigene, il cui centro più vicino (Mura Pregne) si trovava a circa 4 Km da Himera, al di là del fiume Torto. Alcuni secoli prima, tuttavia, la zona nord-occidentale del Piano di Imera era stata sede di un villaggio dell'età del rame, i cui resti sono stati rinvenuti nel corso degli scavi. Era un villaggio di capanne con tetto di canne e frasche, che i reperti ceramici permettono di assegnare all'orizzonte culturale di Piano Quartara (un sito delle Eolie, dove è stato rinvenuto un villaggio simile).